音楽ファイルの形式には、いろいろなものがありますが、携帯に適したものとしては、
M4AやMP3あたりがメジャーかと思います。
M4Aは優れた点が多いですが、歴史の古いMP3は、対応機器や対応ツールが多いことが利点です。
これら形式のファイルは、いずれもタグ情報やイメージファイルを埋め込むことが出来るようになっていますが、
複数のファイルに対して設定を行う場合は、専用のツールを利用することになると思います。
（タグ情報：曲名やアーティスト名等の情報で、再生時に表示したり、曲選択に利用したりします）
私の場合は、タグ情報が入っているものと、入っていないものが混在すると、
精神衛生上よくないので、逆に全て消すようにしています。
そして、一括してタグ情報（ID3タグ）を消すには、Multimedia Tag Removerというツールが便利です。
また、イメージファイルの埋め込みについては、アマゾンからタグ情報とイメージファイルを取得できる
Mp3tagというツールが優れています。
（タグ情報の編集も可能ですが、アマゾン利用にはプラグインが必要です）
タグ情報の編集は、上記のMp3tagで十分だと思いますが、他にも数多くのツールが提供されています。
個人的には、SuperTagEditorというツールがExcelに近いインターフェースで気に入っていますが、
さらにExcelライクにしてほしいと感じています。
（開発が終了し、いろんな方が引き継いでいますので、亜種が多数存在）
音楽ファイルは、原曲に合わせて音量にバラつきがありますが、音量が一定でないと、
再生する曲毎に音量を調整する必要があります。（ボリュームの小さい曲は、イメージも悪い）
そこで私は、MP3Gainというツールを利用して、複数の曲のボリュームを、一括して均一に調整しています。
（ボリュームは95dBあたりが推奨で、メニューの「トラックゲイン」から実行されます）
（たぶん曲全体のボリュームを平均的に判断していると思われ、曲の途中で音量が変化するものは、
均一に感じない場合があるかもしれません）
どのツールも操作は単純ですので、一度利用してみてはいかがでしょうか。